Com o aumento do número de membros e servidores devido ao volume de trabalho, torna-se necessário pensar em um local com mais espaço para a PRR4 funcionar. A história da nova sede da unidade começa anos antes do efetivo início da obra. Mais precisamente em 5 de abril de 2001, quando o então procurador-chefe Carlos Eduardo Thompson Flores Lenz recebeu da Secretaria do Patrimônio da União o terreno localizado na Rua Otávio Francisco Caruso da Rocha, s/n, que seria destinado à futura sede.

Dois anos depois, já na gestão da procuradora Maria Hilda Marsiaj Pinto, começou a busca de verba para dar início à construção. Na época, o MPF não tinha recursos disponíveis para a obra, o que levou a procuradora-chefe a pleitear o dinheiro junto à bancada gaúcha do Congresso Nacional. O pedido virou emenda de bancada e foi aprovado como o mais votado dos projetos apresentados pela bancada gaúcha em 2003.

Vencida a barreira financeira, definiu-se que o projeto arquitetônico seria escolhido por meio de um Concurso Público Nacional de Arquitetura. Foi lançado um concurso de anteprojetos arquitetônicos, no qual a premiação seria um valor em dinheiro mais o contrato para a elaboração do projeto executivo do prédio. O edital do concurso foi publicado em fevereiro de 2004. A vencedora foi a Tectonica Escritório de Arquitetura Ltda. O contrato com o escritório foi assinado em 02 de junho de 2004 e o recebimento dos projetos (imagem abaixo) foi emitido em 14 de agosto de 2006.