Em maio de 1996, o Conselho Superior do MPF publicou resolução determinando a criação de ofícios especializados nas PRRs e na Procuradoria Geral da República para acompanhamento, nas instâncias recursais, das ações civis públicas promovidas pela Instituição, em primeira instância. A PRR4 foi pioneira na execução da iniciativa e, em abril de 1997, criou uma coordenadoria que seria integrada pelo Núcleo de Interesses Difusos, Coletivos e Individuais e Núcleo de Assuntos Administrativos. O objetivo era apoiar os procuradores regionais da República que atuavam na defesa dos direitos relativos à tutela coletiva – ações civis públicas e ações populares versando sobre qualquer matéria, quaisquer ações referentes a indígenas e minorias, danos ao meio ambiente e ao patrimônio histórico e cultural, bem como ações de improbidade administrativa.

Em novembro daquele ano, a área criminal faria o mesmo e, para promover a ação integrada entre os membros da segunda instância e os procuradores da República com atuação em Paraná, Santa Catarina e Rio Grande do Sul, foi criado o Núcleo de Assuntos Criminais. Em dezembro já foi realizada uma reunião de trabalho e, em 1999, o primeiro encontro regional da área.