Em dezembro de 2012, a Portaria PGR nº 653 criou o Núcleo de Apoio Operacional à Procuradoria Federal dos Direitos do Cidadão na 4ª Região. Seu objetivo é descentralizar as atividades da PFDC, coordenar e integrar a atuação dos procuradores regionais dos direitos do cidadão e procuradores dos direitos do cidadão, atendendo, assim, a um dos objetivos estratégicos estabelecidos pelo Planejamento Estratégico do Ministério Público Federal. Entre as atribuições do Núcleo estão:

• a revisão das promoções de arquivamento, declínio de atribuição de inquéritos civis, procedimentos administrativos e peças informativas;
• a resolução dos conflitos de atribuição no âmbito da 4ª Região;
• o acompanhamento, em conjunto com a Procuradoria Federal dos Direitos do Cidadão, as procuradorias regionais dos direitos do cidadão e as procuradorias do direito do cidadão, das políticas públicas na área de direitos humanos;
• o contato com entidades públicas e privadas sobre as questões ligadas a direitos humanos e cidadania;
• a promoção da integração e o intercâmbio entre os PRDCs e PDCs, inclusive para efeito de atuação conjunta ou simultânea.

Desde então, foram realizados encontros regionais, inúmeras sessões de julgamento, audiências públicas, reuniões de trabalho, entre outras atividades.