Como não poderia ser diferente, os fatos relacionados à covid-19 também impactaram a PRR4. Em 31 de dezembro de 2019, a Organização Mundial da Saúde (OMS) foi alertada sobre vários casos de pneumonia na cidade de Wuhan, na China. Uma semana depois, autoridades locais confirmaram a identificação de um novo tipo de coronavírus. Em 11 de março de 2020, a OMS classificou o problema como uma pandemia.

O primeiro caso confirmado no Brasil data de 26 de fevereiro daquele ano, em São Paulo. No Rio Grande do Sul, estado em que se encontra a sede da PRR4, a primeira ocorrência da doença foi divulgada pela Secretaria da Saúde em 10 de março.

Dois dias depois, a Regional estabelecia as primeiras medidas determinando o teletrabalho na unidade, com o mínimo de pessoas da Administração atuando presencialmente apenas para manter o funcionamento do prédio. Em 18 de março, biblioteca e restaurante foram fechados por tempo indeterminado; dois dias depois, seguindo regulamentação nacional para todo o MPF, foi determinando o teletrabalho integral para prevenir o contágio.

Ao longo dos dois anos seguintes, a Administração tomou todos os cuidados possíveis para respeitar as regras sanitárias e promover retornos parciais com segurança. Já na primeira tentativa, em outubro de 2020, havia dispensadores de álcool gel em todos os andares e salas, máscaras sendo distribuídas e espaços adaptados, com a colocação de divisórias de acrílico na recepção e na biblioteca, além de adesivos no chão para respeitar o distanciamento (fotos). Tais medidas se estenderam e foram sendo aperfeiçoadas com o avanço da vacinação e o arrefecimento da pandemia, até efetivamente permitir a retomada do funcionamento do prédio. A OMS declarou o fim da emergência em saúde pública em 5 de maio de 2023.

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