Quase dez anos após sua condenação, em 2006, e dezesseis após sua cassação e as ações propostas pelo MPF (uma por improbidade e outra criminal), Luiz Estêvão enfim começou a cumprir pena pelo desvio de verbas na construção do Fórum Ruy Barbosa, na capital paulista, episódio que ficou conhecido como escândalo do TRT-SP. No dia 7 de março de 2016, a Justiça Federal determinou a prisão do ex-senador, valendo-se do entendimento do Supremo Tribunal Federal (STF) de possibilidade do início de cumprimento da pena após condenação em 2ª instância.

Devido ao risco de prescrição das penas, à gravidade dos delitos e sua ampla repercussão social, o processo criminal foi incluído, em 2008, no Programa Justiça Plena, do Conselho Nacional de Justiça (CNJ), a pedido do Ministério Público Federal. Apesar disso, apenas em 2016 Luiz Estêvão e Fábio Monteiro enfim começaram a cumprir a pena. Fábio Monteiro permaneceu foragido, e só foi preso em setembro de 2017.

O Tribunal condenou o ex-juiz Nicolau dos Santos Neto a 26 anos e seis meses, e condenou ainda o ex-senador Luiz Estêvão (31 anos) e os empresários Fábio Monteiro de Barros (31 anos) e José Eduardo Correia Ferraz (27 anos e 8 meses) pelos crimes de de peculato/desvio de verbas, estelionato e corrupção.

Os crimes, cometidos durante o período de 1992 a 1998, foram objeto de duas ações civis públicas, nas quais todos os réus foram condenados a ressarcir os danos ao erário e ao pagamento de multa. As condenações cíveis, confirmadas pelo Tribunal Regional Federal da 3ª Região em 2013, somadas, chegam a mais de R$ 3 bi.

Trânsito em julgado -- Pouco mais de oito meses após ter sido decretada a prisão do ex-senador Luiz Estêvão e do empresário Fábio Monteiro de Barros, o STF enfim reconheceu o trânsito em julgado no dia 18 de novembro de 2016. Foram 36 recursos movido pelos dois réus desde que foram condenados pelo TRF3, em 2006.

Mesmo com o trânsito em julgado, Luiz Estêvão continuou tentando anular sua condenação. Em 2017, ele entrou com um pedido de revisão no TRF3, que foi julgado improcedente em 2018. Ele ainda entrou com embargos, que também foram negados, e recorreu o STJ, que ainda não julgou seu recurso. Na prática, seriam 39 recursos movidos pelo ex-senador desde sua condenação.

Em setembro de 2017, foi capturado o último réu condenado criminalmente pelo escândalo dos desvios do TRT-SP que ainda estava solto. O empresário José Eduardo Ferraz, condenado a 17 anos de prisão, estava foragido havia quase um ano quando foi preso pela Polícia Federal.

O ex-empreiteiro constava da lista de procurados da Interpol. Duas viaturas da PF saíram ao seu encontro, tendo abordado o veículo na marginal Pinheiros, na altura do Jockey Clube. Confirmada a identidade do foragido, o mandado de prisão foi cumprido e José Eduardo Ferraz foi levado para a Superintendência Regional da Polícia Federal em São Paulo, onde permanece à disposição da Justiça Federal, aguardando transferência para o sistema prisional estadual paulista. Essa não é a primeira vez que José Eduardo foge da Polícia Federal. Em 2000, quando foi expedida ordem de prisão contra o empresário, ele foi encontrado pela PF num barco em Morro de São Paulo (BA). Além disso, ele buscou usar uma manobra processual para atrasar o trâmite dos processos.

Ações Civis -- A primeira ação do MPF sobre o caso foi uma ação de improbidade movida em 1998. Outra ação foi impetrada em 2000, atingindo o ex-senador Luiz Estêvão e o grupo econômico por ele controlado. Os réus foram condenados em 1ª instância e as condenações foram confirmadas em novembro de 2013. As ações determinaram o ressarcimento dos bens desviados (que, em valores atualizados, superava o montante de R$ 1 bilhão), além de multa.

Em setembro de 2017, em ação de execução das das ações de improbidade, p MPF apontava que os réus ainda deviam 1,04 bilhão aos cofres públicos, já abatidas as quantias pagas em decorrência de decisão do TCU.