Em agosto de 2015, a Procuradoria Regional da República da 3ª Região recebeu 614 caixas com restos mortais exumados da vala clandestina do cemitério de Perus em 1990. Os restos mortais ficaram no cemitério do Araçá, aguardando identificação, desde 2001. Em 2014, as análises tiveram início, graças a uma parceria entre a Secretaria de Direitos Humanos da Presidência da República, a Prefeitura Municipal de São Paulo e a Unifesp.

Após a transferência, constatou-se que o total do acervo é de 1.047 caixas contendo ossadas humanas, atualmente distribuídas entre a Unifesp (433, no Centro de Análises) e o Ministério Público Federal (614, em sala-cofre). Estima-se que entre essas ossadas possam ser encontrados em torno de 20 ex-presos políticos.

O MPF, com esse gesto, atendeu ao pedido da Prefeitura Municipal e da Comissão Especial de Mortos e Desaparecidos Políticos, pois era necessário encontrar local com condições de armazenamento mais adequadas que o Araçá para as ossadas. A sala-cofre possui tais condições e, com essa custódia provisória, será possível dar continuidade aos trabalhos até a reforma do Centro de Análises da Unifesp ser concluída.

Durante a coletiva de imprensa ocorrida no dia 19 de agosto, o então procurador-chefe da PRR3 Pedro Barbosa ressaltou o compromisso institucional do Ministério Público Federal com o tema, lembrando inclusive a manifestação do procurador-geral da República Rodrigo Janot favorável a uma revisão da Lei da Anistia. Já o ministro Pepe Vargas apontou que o direito à memória e à verdade é um direito fundamental do povo brasileiro, que deve ser garantido pelo Estado e suas instituições. Também foram apresentados detalhes sobre o translado das caixas do cemitério para o MPF (veja aqui), sobre o trabalho de perícia e identificação dos corpos, previsto para ser concluído entre o final de 2016 e o primeiro trimestre de 2017, e sobre a contratação de um laboratório internacional, ainda neste ano de 2015, especializado nesse tipo de análise e identificação.

Termo de Transferência -- No dia 13 de agosto de 2015, ocorreu o ato de assinatura do Termo de Transferência e Custódia Provisória de Remanescentes Ósseos da Vala Clandestina de Perus. O ato contou com a presença do procurador-chefe da PRR3 Pedro Barbosa, da procuradora regional da República e presidente da Comissão de Mortos e Desaparecidos Políticos Eugênia Augusta Gonzaga, da reitora da Universidade Federal de São Paulo (Unifesp), Soraya Soubhi Smaili, do secretário municipal de Direitos Humanos e Cidadania de São Paulo, Eduardo Matarazzo Suplicy, do secretário municipal adjunto de Direitos Humanos e Cidadania, Rogério Sottili, e da superintendente do Serviço Funerário do município de São Paulo, Lúcia Salles França Pinto. O termo foi assinado ainda pelo ministro-chefe da Secretaria de Direitos Humanos da Presidência, Pepe Vargas, que esteve em São Paulo para a assinatura, mas não pôde comparecer ao ato. Também estiveram presentes ex-presos políticos, familiares, técnicos que trabalham com a identificação das ossadas, além de membros e servidores do Ministério Público Federal. As caixas retornaram ao Centro de Análises da Unifesp no ano seguinte.

Vala Clandestina -- No período da ditadura militar, os dissidentes políticos mortos sob tortura ou assassinados acabavam “desaparecendo”. Seus cadáveres eram destruídos ou ocultados, mediante atestados falsos de óbito e outros artifícios. E um dos locais bastante utilizados para a ocultação desses cadáveres foi o Cemitério Municipal Dom Bosco, no bairro de Perus, onde foi cavada uma vala clandestina para essa finalidade. A informação de que o Cemitério de Perus havia sido utilizado para o sepultamento de desaparecidos políticos veio a público em 1990, quando a vala clandestina foi aberta e as ossadas foram exumadas.

Das milhares de ossadas encontradas em Perus, a grande maioria pertence a indigentes e vítimas de esquadrões da morte. Mas corpos de presos políticos também foram enterrados no local. De acordo com a Comissão Especial de Mortos e Desaparecidos Políticos, seriam cerca de 20.

Em 2018, foram identificadas duas ossadas de desaparecidos políticos durante o período da ditadura. Em fevereiro, foi identificado o militante, morto em 1971 aos 25 anos, Dimas Antônio Casemiro. Em dezembro, DNA permitiu a identificação de uma segunda ossada, a do sindicalista Aluizio Palhano, que desapareceu em 1971.