Em dezembro de 2012, foram criados os Núcleos de Apoio Operacional à Procuradoria Federal dos Direitos do Cidadão (NAOP-PFDC), instalados nas cinco Procuradorias Regionais da República. Seu objetivo é descentralizar as atividades da PFDC, coordenar e integrar a atuação dos procuradores regionais dos direitos do cidadão e procuradores dos direitos do cidadão, atendendo, assim, a um dos objetivos estratégicos estabelecidos pelo Planejamento Estratégico do Ministério Público Federal. As atribuições de cada Núcleo incluem: a revisão das promoções de arquivamento, declínio de atribuição de inquéritos civis, procedimentos administrativos e peças informativas; a resolução dos conflitos de atribuição; o acompanhamento, em conjunto com a PFDC, as Procuradorias Regionais dos Direitos do Cidadão e as Procuradorias dos Direitos do Cidadão, das políticas públicas na área de direitos humanos; e o contato com entidades públicas e privadas sobre as questões ligadas a direitos humanos e cidadania.