Desde 2018, o MPF, em conjunto com o Ministério Público de Pernambuco (MPPE), coordena a Fiscalização Preventiva Integrada da Bacia Hidrográfica do Rio São Francisco em Pernambuco (FPI/PE), com o apoio do Comitê da Bacia Hidrográfica do Rio São Francisco (CBHSF). O objetivo é combater danos ambientais relacionados à extração mineral, ao comércio e uso de agrotóxicos, ao abate ilegal de animais, ao abastecimento de água, ao saneamento e ao gerenciamento de resíduos sólidos, bem como a atividades com impacto na fauna e flora, no patrimônio cultural e nas comunidades tradicionais da região, entre outros.

O programa é realizado mediante a atuação coordenada de mais de 20 órgãos públicos e entidades não-governamentais voltados à preservação dos recursos socioambientais por meio da identificação de irregularidades e da adoção das respectivas sanções. Centenas de profissionais, divididos em equipes técnicas temáticas, promovem fiscalizações nas áreas urbana e rural nos municípios escolhidos para cada etapa, além de atividades de educação ambiental para a população local.

A FPI é um programa permanente e continuado que teve início em 2004, na Bahia. Posteriormente, aderiram os estados de Alagoas (em 2014), Sergipe (2016) e Minas Gerais (2017). Em 2018, a FPI foi iniciada em Pernambuco. Com isso, os principais estados que integram a Bacia Hidrográfica do São Francisco fazem parte do programa.