Um dia após inaugurar a primeira sede do interior do Ceará, o Ministério Público Federal (MPF) abriu oficialmente as portas da Procuradoria da República no Município de Juazeiro do Norte, a segunda sede própria fora da capital, Fortaleza. A cerimônia de inauguração ocorreu em 29 de setembro de 2005. Antes desta data, a PRM funcionou nas instalações da Subseção da Justiça Federal da cidade.

A PRM de Juazeiro do Norte teve como primeira chefe administrativa a procuradora da República Ládia Mara Duarte Chaves Albuquerque.