A Procuradoria Regional da República da 3ª Região (PRR3) atua junto ao Tribunal Regional Federal 3ª Região, abrangendo os Estados de São Paulo e do Mato Grosso do Sul, nos feitos relativos às seguintes questões: nos âmbitos cível, tutela coletiva e criminal, em grau de recurso e, no âmbito criminal, em ações penais originárias, ou seja, processos criminais instaurados em face de pessoas com foro com prerrogativa de função, processadas junto ao Tribunal Regional Federal da 3ª Região, como juízes federais e do trabalho, membros do Ministério Público da União, por qualquer crime; prefeitos municipais, deputados estaduais e secretários de Estado de São Paulo e Mato Grosso do Sul, por crimes federais.

Além da atuação perante o TRF3, funciona na PRR3 a Procuradoria Regional Eleitoral em São Paulo, que atua nos casos de competência do Tribunal Regional Eleitoral de São Paulo.